在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比...
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method -
【编程】三分钟搞懂PCA主成分分析！欢迎关注我的专栏( つ??ω??)つ【人工智能通识】 主成分析PCA Principal components analysis，简单说就是物体...
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Trimmomatic详细使用
软件介绍 于2014年首次发表在Bioinformatics期刊上，Trimmomatic是一个快速的多线程命令行工具，可以用来整理和裁剪Il...
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shell十三问
为何叫做 shell ？ shell prompt(PS1) 与 Carriage Return(CR) 的关系？ 别人 echo、你也 ech...
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BAM/SAM文件格式的一些小知识BAM/SAM文件的一些小知识 前言 如果不是在陈老师这读博，然后开始折腾BAM/SAM文件，我估计这辈子都不会了解到这么多东西吧 SAM/BA...
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hisat2的index差别1.下载三个index： 2.重命名为： hisat2_grcm38_genome_index/genome [1-sam]hisat2_grc...
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1/2--linux下利用conda安装所需的软件，数据库下载原始数据
以下是根据生信技能树ChIP-seq视频记的笔记，代码来自视频。 1. 安装软件 利用以下命令安装所需的软件： 软件安装在默认目录下 xu...
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实例讲述bioMart包的用法
bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库这个·包可以做以下几个工作1.查找某个...
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BED 文件格式
BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息 BED文件每行至少包括chrom，chro...
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基因组注释文件格式 --（一）BED文件格式
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