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11篇文章 · 10178字 · 7人关注
  • GWAS分析(R包GAPIT)之三(计算运行)

    计算的部分相对比较简单,直接选用合适的模型即可。 library(GAPIT) myY <- read.table("mdp_traits.tx...

  • R/qtl 及 R/qtl2 定位分析

    鉴于简书经常锁文,重新整理这块的内容放到了知乎上,有兴趣的话请移步查看。 R/qtl 分析流程 - 知乎 (zhihu.com)[https:/...

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    R/qtl2:QTL 定位分析

    目录: 1.Data Input 2. Calculating Genotype Probabilities 3.Performing a ge...

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    R/qtl 定位分析(一)Data input

    不同于以往的 makers,现在定位通常是基于重测序数据。但是由于测序数据基因组覆盖率的问题,并不是群体内所有个体在每个标记都有位点信息;而且由...

  • R/qtl 定位分析(五)Two-QTL scans

    在此之前,仅仅考虑了一维的基因组扫描,但是多数复杂性状都是多个遗传位点共同作用的结果,不同位点之间可能存在连锁或者上位性。而这一部分开始考虑 Q...

  • R/qtl 定位分析(四)Non-normal phenotypes

    前面介绍了 QTL 分析的一般流程:包括数据输入,数据质量检查,单 QTL 分析。对这个过程已经比较了解了。 R/qtl 定位分析(一)读取数据...

  • R/qtl 定位分析(三)Single-QTL analysis

    上一部分介绍了数据导入部分,有需要的可以移步: SNPbinner 构建定位群体的基因组 bin 图谱[https://www.jianshu....

  • R/qtl 定位分析(二)Data Check

    上一部分介绍了数据导入部分,有需要的可以移步: SNPbinner 构建定位群体的基因组 bin 图谱[https://www.jianshu....

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    SNPbinner 构建定位群体的基因组 bin 图谱

    说在前面: 早在 2009 年,韩斌团队(第一作者是黄学辉)就在 Genome Res 上发了一篇文章 High-throughput geno...

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