在植物中，基因组的复制事件是频繁发生的，根据发生的范围大小可以分成全基因组复制（Whole-genome duplication）和单基因复制（single-gene dup...
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生信分析12：如何鉴定重复基因 -
基因家族分析（1）：数据下载与处理本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要 有关基因家族的概念...
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Zotero「工具包」已备好，请使用！Zotero | 打造最佳文献生态原创系列教程已经更新了近50期了，和Zotero相关的使用技巧已基本介绍过了。（得酝酿着开启什么新栏目了...） 自去年11月开始推送该教程...
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使用orthofinder查找单拷贝基因并建树
本文主要是对这篇文章利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[http://08643.cn/p/52c2...
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选择性分析之遗传分化指数Fst(一)大家好，今天给大家分享一种群体遗传学中的一种选择性方法，即群体间遗传分化指数（Fst），也叫固定指数。Fst取值范围[0,1]，Fst=0时，表明不同群体遗传结构完全一致，群...
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Super useful!! #实用的单行命令合集
周末闲着无聊在推特上闲逛，刷着刷着发现了Ming Tang大神的一条推文。他将他日常经常使用的单行命令整理到其Github中，然后分享给各位推友。在点开它的网站后，我犹如发现...
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TOOL:Dsuite--基因渗入分析工具
看2020年新发表的文章[http://engine.scichina.com/doi/10.1360/SSV-2020-0126]，把基因渐渗工具分为几类。 第一类基于种间...
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使用REPuter遇到的小问题叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/repute...
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比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种，也可上传蛋白序列 分析结果 OrthoFinder 将多个...
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「生信练习题」调整GFF文件中的坐标位置
已知，我们通过seqkit faidx ref.fa chr8:25234310-25266151 > target.fa提取基因组上的一个片段序列，接着我们用AUGUSTU...
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circos安装与使用-circos绘制圈图在linux系统上使用circos绘制圈图。 circos的安装安装是需要管理员权限的，需要添加到sudo组中，我这里我的权限就是sudo：进入软件路径cd 01.softw...
