“简化基因组”这个词最早来源于简化基因组测序（reduced representation genome sequencing），而简化基因组测序是一个笼统的概念，属于一类测...
发简信
IP属地：山西
-
简化基因组简介 -
生信 | 基因组组装实战（一）：基础知识与基本思路写在前面 以下内容均来自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班课堂笔记 1. Genome de nove 基础知...
-
TE的鉴定转座子鉴定方法 转座子的鉴定方法基本归于两大类：从头预测、基于同源比对。 从头预测算法 de novo 包括：基于基因组序列比对的方法、K-mer 方法、基于结构特征的方法基...
-
orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一个基因的同源基因组的样本来源信...
-
转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
-
植物资源网站
基因组信息查询：首页 - 国家基因组科学数据中心 (cncb.ac.cn)[https://ngdc.cncb.ac.cn/]National Center for Biot...
-
基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
-
教程 | 规?；镏滞椿蚍治?- orthofinder [上篇]写在前面 基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定...
-
-
Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验流程：orthofinder2获取单拷贝基因——muscle...
-
教程 | [下篇] 规?；镏滞椿蚍治?- orthofinder写在前面 两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。今天即推出，主要内...
-
用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据
(全文约900字) 1. HiFi数据 HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列（Circular...
-
hifi+hic组装基因组1. hifi结合hic数据进行初步组装 运行结束后生成的一系列文件中，我们只需要关注如下几项 (prefix表示前缀） prefix.bp.r_utg.gfa: haplo...
-
基因组组装----SOAPdenovo21.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
-
入门流程 | 三代测序基因组从[ 组装 ]到[ 评估 ]- Pacbio、Flye、Quast写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式，于是....还是鼓励她整理整理流程，分享分享（其实....
-
植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
-
-
sam和bam文件处理
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：sambamba是一个比samtools更强大的操作sam和bam的工具，绝...
-
Samtools工具的几个强大功能_2019-05-11
Samtools常用命令的总结【samtools强大工具的几个功能】 内容来自一下网址，感谢原作者。不是盗版，记录仅用于个人学习，有笔记可寻?。∧谌菔窃淖髡咝吹?，非原创！非...
-
