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0.参考文献:B?ckhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Kovatcheva-Datchary, P., ...

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简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...

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LD衰减距离指的是，当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半/0.5以下）的时候，对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快，即衰减距离越小，说...

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写在前面 在进行染色体挂载之前一般对得到的 "primary assembly"（主要组装/初始组装结果）进行进一步的优化，以减少错误，提高基因组的质量和准确性。然后再将这些...

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表1：做箱图 表2：做柱形图 X轴配色 segment和配色 ggplot boxplot barplot segment

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1.简介： （1）介绍：MCScanX[http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm]采用改进了的MCScan算法，分析基因组内或者基因组间的...

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软件安装 软件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass这个软件已经许...

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写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...

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作图的目的是希望在图里面发现问题或者解释问题，当然更本质一点就是你想解决什么问题？ 前几天做了一个PCA的图，图是画出来了，但是问题有很多，比如说主成分是是啥意思，图里面的箭...

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1. 下载基因组文件，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM28...

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转自：http://08643.cn/p/9d28de3d18e6[http://08643.cn/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...

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俗话说，“遇事不决，量子力学；机制难寻，肠道菌群”。和研究物理学微观粒子的量子力学一样，我们肚子里面肠道菌群也是一个神奇的微观世界，里面包含约100万亿个微生物，有人体细胞总...

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karyoploteR 1、安装 2、绘图 （1）画基因组 ? （2）在染色体上映射标记 ? 再画好基因组/染色体 也可以染色体标个尺度 （3）在染色体上映射区域 ? 区域画...

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在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...

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介绍 gencore 能够对双端测序的 NGS 数据进行 read 去重,消除文库制备和测序过程中引入的测序错误。 gencore 是用 C++ 写的，相比于 Picard ...

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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[http://08643.cn/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...