郑州大学公共卫生学院在读研究生。
发简信
IP属地：上海
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遗传学 博士研究生在读
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@果蝇饲养员的生信笔记 哦哦 好嘞 学习老师解答
使用clusterProfiler进行富集分析
clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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@wo_monic 好的 我试试看 谢谢
构建自己的R包--KEGG.db
参考地址在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。 简单快捷方...
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老师 写得好好！不过我疑惑就是：为什么一开始获得geneList之后就没有看到这个使用这个变量了 geneList是后面用到的mydata嘛？ 另外GSEA不是用所有基因而非差异基因嘛 为什么DEgenelist要设置logFC>2呀 谢谢老师
使用clusterProfiler进行富集分析
clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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你好 为什么我在第二步就报错了 createKEGG::create_kegg_db("mmu")后报错：不能给维度小于二的对象设‘colnames’
构建自己的R包--KEGG.db
参考地址在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。 简单快捷方...
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来自不同平台GEO数据批次效应除去批次效应除去-GEO案例分析 最近分析来自不同平台的GEO数据，GEO分析推荐学习Jimmy大神的B站视频，也可以学习我之前的教程。limma和sva两种方法进行批次效应去除...
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aglient芯片原始数据处理本文讲的是aglient芯片原始数据的处理，参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期，比如是空的，或者是有负值的，那我们就处理一下...
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TCGA+biomarker——ROC曲线
通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章都是二选一。 C-index即一致性指数（index of ...
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单因素与多因素cox分析区别
说来惭愧，跟师姐聊天的时候，我按照传统的生信思路把临床特征做风险打分，然后定义高低风险打分，接着就是标准的生存图、森林图了。在做到森林图的时候，忽然被问到，单因素与多因素的区...
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R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG）实例：如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集 一、确定目标通路 打开KEGG选择pathway，在搜索框前输入物种，框内填入关键词。 筛选结果显示仅有hsa04728...
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TCGA转录组数据及临床数据下载及整理一、TCGA转录组数据下载及整理 ①进去先看cart是否为空，没有要清空。 ②下载转录组数据 基因表达量包括LncRNA和mRNA，用矫正后的FPKM下载3个文件 ③下载数据...
