一些生物信息学用到的软件,工具,介绍用法安装以及以及应用的文章
?? 测序组装使用的Spades、canu等等
?? 序列比对比如blast、bowtie、diamond等
?? 多序列比对比如mega、clustalW、matff等
?? 序列格式转化的samtools、bedtools等等
?? 可变剪接分析的rMATS、MISO
?? 微卫星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文献下载工具Sci-hub桌面版
?? 进化树构建工具IQtree、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等
?? 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等
?? 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME
?? 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST
?? 可视化工具比如IGV、3D Genome
?? 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等
?? 数据可视化的工具circos
等等