作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程 -
Slingshot|单细胞轨迹推断R包看Cross-tissue organization of the fibroblast lineage的时候发现作者使用了Slingshot这个r包来做拟时序分析，尝试使用...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...
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R 数据可视化 —— ggplot2 分面前言 分面的作用是在一个页面上自动放置多幅图像，它先将数据划分为多个不同的子集，然后分别将每个子数据集绘制到页面的小图形面板中。 ggplot2 有两种分面类型： 网格型 —...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞数据处理工具，功能还是很强大的...
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多...
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使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析
Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在Nature Biotechnology上。Palantir将细胞分化模拟为一个随机的过程...
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分泌蛋白基因列表下载1. 数据下载 在读Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
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2021-04-22 bam文件中提取比对（mapped）或未比对上（unmapped）reads
flags 1 0x1 这序列是PE双端测序 2 0x2 这序列和参考序列完全匹配，没有错配和缺失 4 0x4 这序列没有mapping到参考序列上 8 0x8 这序列的ma...
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2?? 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版序列比对和序列特征分析总目录 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi运行方式：本地或web 基本的BLAST工具包括： bla...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的： 如果说单细胞转录组数据分析中的分群是...
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Cellchat和Cellphonedb细胞互作一些问题的解决(error和可视化）今日的内容主要解决两个问题，一个是cellchat的代码报错问题，因为已经有很多人提出这个问题了。第二个是Cellphonedb结果的可视化，这里提供一种免费的很实用的快捷可...
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单细胞转录组数据分析||SLICE：基于单细胞熵确定细胞分化和谱系SLICE：Determining Cell Differentiation and Lineage based on Single Cell Entropy 阐明单细胞的谱...
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Transcript ID（ENST/ENSMUST/NM_123456）转换为gene ID（ENSG/ENSMUSG/Gene ID）和Gene name/Symbol----前不久拿到公司给的转录组测序结果，Gene ID是以ENMUST开头，查了一下，ENST为EMBL 核酸数据库中人类的转录本ID，ENMUST为鼠的转录本ID。一般我...
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2020-06-04 EnrichedHeatmap可视化表观遗传学数据当我第一眼看到时，惊艳到了?。?！如同登徒子见了久违的天人。与ComplexHeatmap包开发者为同一人，都是顾大神的杰作。 将原文摘录如下： 此图展现的是来自Roadmap...
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Seurat分组随机选取细胞数实战（随机采样后找亚群DEG） 2022-06-01
关键词 随机取样细胞 Downsample cells 分组随机选取细胞 适用背景 之前的博客提到，R语言处理大数据效率较低，耗时长，一种解决方案是可以转用Python语言流...
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cutadapt 使用详解Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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pySCENIC的安装和使用
pySCENIC[https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/index.html]是通过python实现的一个快速的SCENIC[h...