MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明 -
使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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orthofinder实际使用
下载目标物种的蛋白质组序列 使用哪个蛋白质组版本 OrthoFinder 使用蛋白质编码基因的氨基酸序列。这通常位于物种的文件夹中，称为“注释”。理想的情况是为每个基因使用一...
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生信分析：两款经典的检测基因组结构变异软件前一篇推送解读了今年发在NG上的鉴定玉米抗旱基因的文章。文章中一个比较关键的分析是从泛基因组水平鉴定结构变异。作者应用并评估了四款常用的软件：SyRi、Smartie-sv、...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）（转发）入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[http://08643.cn/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...
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二代转录组可变剪切(AS)分析1.背景知识 1.1什么是可变剪切 可变剪切（differential splicing）也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成...
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RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表...
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使用TransDecoder寻找转录本中的编码区
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。 软...
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足球场或篮球场，如果对手恶意犯规造成己方人员伤亡，对方需要负法律责任吗？
依据《民法典》第一千一百七十六条规定，自愿参加具有一定风险的文体活动，因其他参加者的行为受到损害的，受害人不得请求其他参加者承担侵权责任，但是其他参加者对损害的发生有故意或者...
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karyoploteR: 画一个测序深度分布图??测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低；如果是重...
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TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)再次体验一下TBtools的强大。使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。 一、数据准备 1.基因组组装结果fasta格式 2...
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使用python从cds或蛋白质fasta文件中提取最长转录本
提取最长转录本是一个常见的功能,本脚本会生产两个文件maxpep文件为仅含有最长转录本的fasta文件,maxpep.list为最长转录本的列表原文件格式如下,这是其中一个基...
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R : Shiny|搭建单细胞数据分析云平台shiny官网 在这本书中，作者提出数据分析的一个流程，在数据转换、可视化以及建模之后，来到数据分析的新阶段：与别人分享我们的数据。之前我们分享了许多单细胞数据分析的教程ce...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果RIdeogram 是用来展示 染色体组型 （idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。具体介绍可以参考https://w...
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【R语言编程】---通过R包Shiny学习交互式Web应用程序前言： Shiny是一款R软件包，能够构建交互式Web应用，功能十分强大。官网地址：https://shiny.rstudio.com/ 1.shiny包的安装 2.运行示例...
