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1.参考基因组和注释文件的下载在使用比对软件之前要做的一件事就是需要下载参考基因组和注释文件，但是我每次都下载的晕乎乎的，建立索引的时候就会建立到一半然后就失败了，真的是很气人，然后晚上要建斑马鱼的索引，...
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R基础及应用day1创建R-project 脚本编辑器 脚本编辑器控制台对象/变量列表，历史命令文件/图片/帮助 设置字体 TOOLS-global options-appareance- 与...
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GSM-多基因组基因组级模型的优化:方法、实践教程和透视图
基因组级代谢模型是评估生物代谢潜力的重要工具。作为基因表达的下游，代谢越来越多地被用作药物和治疗的表型结果的指标。本文综述了系统生物学中基于约束建模的主要方法，并探讨了如何利...
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GSM-基于约束（GEMS）可用于基于约束的建模和流量平衡分析的建模平台、工具和软件列表。红色的是独立的，而紫色的代表基于web的工具。蓝色列出的是基于工具箱的。 GEMs通常被用于代谢工程、模型驱动发...
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GSM-cobra-python
在本章中，我们将阐述一个研究细菌物种基因组变异的方案，通过基于约束的代谢模型预测表型差异。 材料 基因组序列 通过对生物体基因组序列的分析，确定编码功能产物的遗传元件。反过来...
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GSM-Fastcore
FASTCORE系列算法主要用于构建特定于上下文的模型，但也可应用于其他任务，如间隙填充和一致性测试。FASTCORE家族的计算需求非常低，运行时间比其主要竞争对手低几个数量...
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GSM-optFluxoptFlux 能够利用通量平衡分析和进化算法进行微生物菌种模拟。 建立基于约束的模型需要两个层次的代谢信息。 M通常被定义为反应物。因此，当通量为正时，代谢物M是系统的输出...
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Python-Scikit-learn基础
import pandas as pdimport numpy as npfrom sklearn.neighbors import KNeighborsClassifier...
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Python-pandas简介 为时间序列分析提供了很好的支持。名称来源于面板数据。 数据结构 Series:一维数组，与Numpy中的一维array类。二者与python基本数据结构list也很相近...
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Python-Numpy基础安装 NumPy 如果你已经装有 Anaconda，那么你可以使用以下命令通过终端或命令提示符安装 NumPy：conda install numpy如果你没有 Anacon...
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Python-循环结构和函数的使用快捷键 ctrl+/ 快速加注释 函数 两个步骤：定义函数，调用函数 函数定义的注意点 1、def 定义 2、函数名应该能够表达代码的功能，方便后续的使用3、函数名称应该符...
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Python-流程控制和函数
目标 掌握流程控制掌握函数的使用 操作符 算数操作符赋值操作符比较操作符逻辑操作符 总结 数学库首先导入 int(input('请输入第一条边'))用法 input（）函数返...
