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pySCENIC转录因子分析单细胞系列教程目录索引,持续更新...[http://08643.cn/p/98fc6c80c216] 以Ubuntu 20.04为例，首先按照Anacond...
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《Cell》前沿综述：利用地理科学帮助实现空间转录组分析的最大潜能（三）文章题目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿综述：利用地理科学帮助实现空间转录组分析的最大潜能（二）文章题目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿综述：利用地理科学帮助实现空间转录组分析的最大潜能（一）文章题目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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答读者问(8)：如何批量查询marker基因(对应的蛋白)会不会在膜上表达？做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文献，查网站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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听说你想要TCGA的新版miRNA表达数据
TCGA的下载方式更新了，miRNA也跟着动一下。 1.查看TCGA的33个癌种 2.下载数据 使用的是TCGAbiolinks里面的函数，受网络限制，有可能下载不成功。 3...
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应用Cellpose进行细胞核分割
在这个教程中，我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)进行空间转录组数据图像的细胞核分割。 首先我得安装安装这个...
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胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI今天给大家介绍一篇2022年1月发表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章。本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的G...
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Tangram 空间转录组教程（二）前文提到Tangram在基于mapping的步骤，有两种方式: mode = "cluster"：速度快，占用内存少，适用于空转和单细胞数据来自不同样本情况下。 mode =...
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Tangram 空间转录组教程（一）什么是tangram？ tangram是一种映射单细胞表达谱数据到空间表达谱的方法，它收集同一解剖区域或者组织类型的单细胞数据和空间数据。通过整合，该方法在scRNAseq表...
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请问：”还需要提供给Cell2location每个位置被期望的细胞丰度，这是用来作为一个估计完整细胞丰度的先导“ 这个怎么理解，很难准备感觉。
cell2location学习笔记
Cell2location 是一个原则性的贝叶斯模型，它可以解析空间转录数据中的细胞类型，并创建不同组织的全面细胞图。Cell2location 解释了变异的技术来源，并借用...
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