导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）进行宏基因组学分析。 HUMAnN2 在宏基因组研究中非...
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HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版 -
@86782b1712c8 你好。你搜索一下“markdown 代码”
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@一条生物狗 你好。我觉得如果一定要使用corr,那应该还是得矫正的。但是这么大的数据，我对correlation是否能够很好的描述他们的关系感到怀疑=_= 你要不要考虑先降维，然后再看维度之间的关系...?
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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jupyter在使用conda创建虚拟环境后使用时遇到的问题我是在conda中创建了一个虚拟环境jupyter_notebook但是在jupyter中查看使用时并不是这个虚拟环境，然后就去查资料，连接conda和jupyter的有两三...
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@烟尘花锁眉 你好。我建议你可以不要+1，而是+一个很小的数，比方说0.0001什么的，就不至于出现0的情况。我做16S是这样的，不知道是否适合，你可以试试。
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@烟尘花锁眉 我不是老师。不客气。
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@烟尘花锁眉 另外我刚刚请教了同事：需要标准化的理由大致可能是
“a core challenge is the small number of samples in typical HTS experiments – often as few as two or three replicates per condition. Inferential methods that treat each gene separately suffer here from lack of power, due to the high uncertainty of within-group variance estimates. ”
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https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@烟尘花锁眉 您好。如果是原始的基因表达矩阵，那应该是需要一个类似标准化的操作。像16S里OTU table的relative abundance那样。但是具体用哪一种，可能要根据你自己的数据来确定。这个我了解不多了。
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@Nimo和他的小丑鱼 您好。corr.test的结果（文章中的示例是cortest_psy_sdj）不是一个matrix或者dataframe。在这个文章里用$将其p值和r提取了出来。你可以用$p, $r 或者[['p']] [['r']] , 这样出来才是dataframe
R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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个人介绍
成立于2016年7月，赵国屏生物信息实验室目前主要从事人群微生物组，微生物基因组进化和临床微生物流行病学的生物信息学分析，包括基因组数据的管理、基因组的比较和进化分析、微生物组数据的机器学习和微生物流行病学模型的应用。