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    系统 发育树

    定义 系统发育进化树 (Phylogenetic tree)： 一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。一般研究对象是碱基序列或氨基...

  • 请问Y轴是表型数据吗？怎么得到不同个体的某个位点的基因型呢？

    2024-03-29基因型分布画出箱线图标注显著性

    GWAS分析后，显著性的SNP，我们想把不同的分型在群体里面的表型进行可视化，现在最流行的方法是箱线图+散点图+显著性标识，类似的图片如下： 上面A、B、C是三种基因型，比如...

  • GATK做变异检测

    一、测序数据的准备 新建工作目录，GATK-analysis 新建data文件夹；mkdir data 1.1 公司返回的测序下机数据 例如：6个NGS测序样本；Raw da...

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    QTL定位方法及花期文章阅读记录1

    1摘要部分 起初，大刍草进化而来的玉米是短日照，在短日条件下开花，长日照条件下花期推迟甚至不开花。通过定位克隆和关联定位，将一个花期数量性状位点确定位于CCT转录因子(ZmC...

  • 请问这个问题你解决了吗？

    在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix

    stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...

  • 有参转录组的比对

    一、数据准备 1、测序数据 （1 ）公司获得（2） NCBI下载/ENA下载 2、参考序列准备 （1）基因组序列 下载地址：Ensembl、EnsemblGenomes、NC...

  • 玉米花粉发育相关过程

    参考学习自公众号：细胞全能型与再生 玉米雄穗每个分支上有多个小花，每朵小花又包含一朵较大的上位花和一朵较小的下位花。通常上位花比下位花在发育进程上早一天。每朵上/下位花分别含...

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    绘制 SNP 密度图

    一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...

  • GWAS全基因组关联分析全流程

    拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...

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    PGDspider的使用

    1、该软件的使用需要在java环境内，下载java并安装 https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-...

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    泛基因组分析方案

    备注：本文主要来源于知乎《全新的泛基因组解决方案》[https://zhuanlan.zhihu.com/p/335553740]。关于大豆泛基因组文章解读，请看往期记录《大...