南京大学生物学，佛系更新~
发简信
IP属地：北京
-
-
保存好的hnsw索引图在下次使用时要如何载入呢？
HNSW原理
前言 HNSW用于近似最近邻搜索，下面将首先讲解HSNW的构建原理，为了方便读者阅读HNSW源码，避免被HNSW繁杂的参数弄的晕头转向，我还附上了HSNW索引的内存模型图，图...
-
@765bcfa34968 nanopore测序的GEO数据集里包含SRA数据，在SRA数据底下会给链接的。
用python把多个文件夹的nanopore测序结果文件合并到同一个文件夹
从ncbi下载的fast5格式nanopore测序原始数据解压后分装在多个文件夹里。在需要对其进行整体处理时操作十分不便。利用python写几行代码可以轻松把多个文件夹内的文...
-
用python把多个文件夹的nanopore测序结果文件合并到同一个文件夹
从ncbi下载的fast5格式nanopore测序原始数据解压后分装在多个文件夹里。在需要对其进行整体处理时操作十分不便。利用python写几行代码可以轻松把多个文件夹内的文...
-
MarkdownPad2.5 注册码邮箱： Soar360@live.com 授权秘钥： GBPduHjWfJU1mZqcPM3BikjYKF6xKhlKIys3i1MU2eJHqWGImDHzWdD6xhMN...
-
您好，我想问用Guppy进行basecall后生成的fast5文件里的move和trace数据是什么意思？谢谢
Nanopore测序及数据处理
一、工作原理 新型纳米孔测序法（nanopore sequencing）；采用电泳技术。 Nanopore测序当中的核心部件是这个由蛋白质构成的纳米级的小孔，我...
-
第一步报错，无法定位软件包1sb-release，求助
利用guppy进行basecalling
目前，绝大部分的生物信息分析是从原始测序的fastq格式文件开始的。而nanopore可以保存为fast5格式，MinKNOW软件是可以直接进行basecalling输出fa...
-
2022-03-07 笔记汇总
weixin订阅：扒蒜小妹的日常 scATAC分析资料：scATAC分析资料[http://08643.cn/p/e78ed34e71e5]scATAC-se...
-
请教一下Tombo和做basecall的软件功能上有什么不同呢？谢谢
Nanopore数据分析软件tomobo
Nanopore数据分析软件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
-
卑微的科研菜鸟，有一个小小的愿望，顺利毕业??
-
@科研菜鸟 就是如果我是体外转录了一段2000多bp的序列，用DRS测序了，现在想得到测序出来的reads每个碱基对应的dwell time和signal intensity。tombo可以用这个2000多的序列做reference然后re-squiggle吗？具体要怎样做呢？谢谢你！
Nanopore 数据分析软件tombo （二）
NOTE:所有Tombo命令也可用于DRS reads，但必须为剪切的转录本提供转录组参考序列。 运行tombo-h查看所有tombo命令，运行tombo [command ...
-
tombo的reference可以是任意一段已知序列而非某物种的基因组或转录本组吗？
Nanopore 数据分析软件tombo （二）
NOTE:所有Tombo命令也可用于DRS reads，但必须为剪切的转录本提供转录组参考序列。 运行tombo-h查看所有tombo命令，运行tombo [command ...
-
不常上线，有事可以找@547的小书童呀
-
康奈尔大学博后