其实这一部分在前面就已经涉及到一些，不过官网既然把这部分拿出来单独作为一大块讲解，可能也是因为这一部分可供选择的可视化方法有很多。对于图片的优化上也有比较详细的介绍。 官网这...
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利用scanpy进行单细胞测序分析（三）Marker基因的可视化 -
7.合并数据集：合并与联合
Pandas很出众的一个特性就是高性能的，内存内的联合和合并操作。如果你曾经使用过数据库，你将会对这种类型的数据交互很熟悉。主要接口是pd.merge函数，将会看到几个实际工...
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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）
原文链接： https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746 主编评语 这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：使用ingest和BBKNN整合多样本单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断 随着单细胞技术的成熟，测序成本的降低，单细胞的数据量和...
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Seurat常规聚类和SCTransform脚本汇总2022-05-26
前沿 单细胞常规分析用得最多的软件非R语言的Seurat包莫属，当然还有Python语言的Scanpy，但是对于入门者来说，R语言更容易上手，而且很多单细胞分析的扩展包也是基...
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python数据框数据缺失值的指定、查找、补齐、删除等操作
缺失值处理： 01 指定要查找的NA值，ahebdf=read_csv('D:\DATA\pycase\4.4缺失值处理\data2.csv',engine='python'...
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从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[http://08643.cn/p/48a6886...
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python--pandas读取excel
对excel文件的读取是数据分析中常见的，在python中，pandas库的read_excel方法能够读取excel文件，包括xls和xlsx格式。本文介绍使用pandas...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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单细胞转录组学习笔记-1-课程框架介绍刘小泽写于19.6.10-课程框架介绍 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm.grazy.cn/...
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单细胞交响乐1-理解scRNA常用的数据结构SingleCellExperiment刘小泽写于19.10.26-27，更新于2020-06-23，最近会继续整理这本资料为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合分析单细胞数据，...
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单细胞基础分析之多样本整合篇作者，追风少年i 时下的单细胞分析，都以大样本量著称，摆在面前的第一道难题，便是多样本的整合分析，随之带来的就是通常讲到的批次问题。而分析的目的，是要寻找真正的生物学差异，避...
