引言 分子生物学家一直在试图了解蛋白质或其他生物分子是怎样运作的。原子级别的结构非常有用，通?？梢匀梦颐巧钊肓私馍锓肿拥墓δ堋Ｈ欢?，生物分子中的原子是不断运动的，分子功能和...
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分子动力学模拟 对自由能画图
如何使用gnuplot：https://stackoverflow.com/questions/35818875/gnuplot-pm3d-with-contour-line...
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GROMACS分子动力学模拟一文通
一文通自然是夸大的，但是这篇文章我觉得价值不?。ㄌ乇鹗嵌杂诎沧案鋈砑鸵览５男“桌此?，官网和现在传播的方法实在太麻烦，即使对我这种老手不小心都要翻车） GROMACS软件的...
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干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用前言 分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分，在生物学研究中不...
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Amber轨迹生成PDB文件
将prmtop和dcd轨迹导入vmd中，随后用vmd生成每一帧的PDB文件 pbc wrap -centersel "protein" -center com -compou...
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AMBER轨迹转换为GROMACS轨迹
可以利用amber的cpptraj 转换成gromacs trr文件 cpptraj -p myparm.parm7 -y x.mdcrd -x x.trr
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docker制作Amber18镜像
扩展docker数据池 关闭docker并删除docker数据 创建新的docker数据池 重新启动容器之后，再查看池大小 拉取centos7作为基础镜像 启动容器 这里将容...
