一、ID常识 ENSG00000141510ensembl ID是欧洲生物信息数据库的基因标识符，ensembl ID是欧洲生物信息数据库的基因标识符，基因都是以ENSG（e...
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数据库基因ID介绍及转换（R的biomaRt包） -
RPKM、FPKM、TPM计算公式基因表达量的衡量指标有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Milli...
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TCGA 数据分析实战 —— 干性指数（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干细胞(stem cells, SC)是人体内具有自我复制和多向分化潜能的原始细胞，而这种自我更新和分化为成熟细胞的能力称为干性 肿瘤干细胞 (cancer stem ...
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机器学习识别肿瘤干性指数mRNAsi
肿瘤干性细胞指数si是一种描述肿瘤细胞与干细胞相似程度的指标，可以认为是CSCs的量化。干细胞具有自我更新以及治疗耐药性的特征，在癌症中发挥着重要作用。 2018年发表在Ce...
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使用Aspera，wget和 prefetch下载SRA数据下载Accession list 进入NCBI——进入SRA数据库——输入物种拉丁名——选择Send to中的RunSelector——Go 点击Accession list...
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四个GEO分析的万能R包来自大神Jimmy
今天想复现一下一篇芯片平台为GPL17077的文章，发现该平台没有对应的R包。按照之前的思路: 一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系： 金标准当然是去基因芯片的...
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称霸kaggle的XGBoost究竟是啥？一、前言：kaggle神器XGBoost 相信入了机器学习这扇门的小伙伴们一定听过XGBoost这个名字，这个看起来朴实无华的boosting算法近年来可算是炙手可热，别的不...
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机器学习笔记(3)-sklearn支持向量机SVM
文章用于总结对sklearn支持向量机模块的使用，系统回顾作者近期的相关学习，部分内容来源网站(侵权联系必删)。 第一部分 SVM用途及优缺点 1. 主要用途： class...
