由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
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关于PhastCons和SIFT4G的使用
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IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器写在前面 今天周末，转眼10月份只剩一周。万万没想到，一个月下去，我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事情，可以干成「22天」？到底还...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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从一则12年前的提问中学习:从配对序列联配到多序列联配
最近学习多基因组比对时，看到一则12年前在Biostars发布的提问, Programming Challange: Pairwise Alignments To Multi...
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conda的一些使用问题
conda用起来有些小问题，之前一直未能解决，将这些记录一下 1 往集群投递任务同时激活conda环境 看资料上说是改配置文件啥的，改完之后也没卵用，只需要在bash脚本里面...
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单拷贝直系同源基因构建物种进化树最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师...
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基因组共线性分析-JCVI由于忙课题的原因，断更了好久，虽然断更的时间内学习到了很多东西，但细想一下还是记录在自己博客里比较好，方便自己查阅也方便其他人学习 JCVI这个软件网上有太多教程，再记录一次...
