这次跟着课程（Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：Dissecting Cell Lineage Specification ...
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(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习 -
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2020-12-02文献文献：Tau accumulation in astrocytes of the dentate gyrus induces neuronal dysfunction and...
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2020-09-20每周文献标题：Plasticity of ether lipids promotes ferroptosis susceptibility and evasion来源：nature ...
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报错：JAVA_HOME cannot be determined from the Registry的解决在加载xlsx包的时候出现了这个报错，查询后发现是java的问题，需要安装并配置java环境。 参考教程：https://www.runoob.com/java/java-e...
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2020-09-13每周文献文献标题：Ferroptosis occurs through an osmotic mechanism and propagates independently of ce...
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2020-09-07每周文献文献标题：The innate immunity protein IFITM3 modulates γ-secretase in Alzheimer’s disease杂志：...
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2020-08-30每周文献标题：Lymph protects metastasizing melanoma cells from ferroptosis杂志：nature 概述 肿瘤可以通过淋巴和血液...
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一个单细胞转录组分析项目前言 从两个月前老板说要搞一个简单的生信分析到现在，经过一个转录组分析的训练后，感觉可以试试看了。这个项目的要求是从一个单细胞数据里比较不同细胞在不同通路上转录水平的差异。同...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH8：GO分析直接上操作吧 然后就可以画图了，我们这里用ego_bp来画 目前就先写到GO吧。匆匆学习终究还是只得皮毛，权做日后复习只用，希望日后继续把这个坑填完
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH7：DEseq2探索表达矩阵我们已经得到了一个表达矩阵，下面我们就用DEseq2筛选差异表达基因，并进行简单的visulization。 DESeq流程 第一步我们需要准备两个表，借用Y大宽姐姐的图来说...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH6：关于R以及表达矩阵的合并到这里我们移师R，由于R是一个可视化的软件，我们下载Windows版的R就好了。这里我们讲一讲一些必要R包的安装，最后把上一步的表达矩阵做一个合并（这一步用excel也可以）...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH5：read计数与矩阵合并
我们用htseq-count，理论部分参见http://08643.cn/p/e9742bbf83b9。 read计数 在开始计数前我们需要获得注释文件，人和...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH4：序列比对（hisat2）这里算是正式进入了RNA-seq的数据分析阶段。第一个工序是序列比对。比对的基本原理就是将打断后的read回贴到index上。具体理论部分参考https://www.jian...
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【零基础练习一个RNA-seq分析】CH3：分析前处理（格式转换和质控）
一觉醒来，数据下载完了，从NCBI下载的数据是一个高度压缩的sra文件，我们需要先解压成fastq文件。进一步的质控可以看看测序的质量。到这里你可能需要补充一些关于测序格式的...
