前些天，实验室里的同事，为了补充计算几个比较组合的差异分析，花了几千元，真够冤枉的。但碍于我们实验室对生信技术的鄙夷，我也懒得理睬。这里简单介绍一下如何使用edgeR进行差异...
IP属地：贵州
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edgeR的简单实用流程 -
Linux使用经验：Windows11系统下WSL2的安装Windows Subsystem for Linux的第二个版本，简称WSL2，是Windows 11系统下使用Linux的绝佳系统。本文旨在总结本人安装WSL2的步骤与问...
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基于Vegan的曼特尔检验（Mantel test）计算及若干讨论
问题描述 使用曼特尔检验（mantel test）来实现微生物组高维数据相关性分析 实现方法 R语言Vegan软件包 实例操作 这里选择宏基因组数据进行分析，包括两个类群的物...
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生信分析中，对软件无法识别的蛋白质序列中U（硒代半胱氨酸）的处理
问题描述 我尝试在某一细菌全基因组中扫描某一功能基因的conserved motif，工具为MEME平台的FIMO?？?。结果显示出报错信息，大意为蛋白序列包含不能识别的氨基酸...
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个人向ggplot2箱线图总结主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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@谢大飞7698 没错哦，目前对orf的定义并不统一，有一种定义就是终止密码子到终止密码子，请参考图片中prokaryotes中的definition 2。
开放阅读框（open reading frames, ORFs）是什么？
开放阅读框对于基因的发现至关重要，但是目前有关orf的分子生物学定义至少有三种。在分子生物学和生物信息学领域，orf的最佳定义为：由终止密码子与终止密码子所包围的碱基片段（s...
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结构方程模型(SEM)可用于微生态研究及R语言实现导读 结构方程模型（Structural Equation Modeling，SEM）是一种能基于变量之间的协方差矩阵分析多变量之间结构关系的多元统计分析方法，也被称为协方差...
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从CONCOCT入手理解宏基因组binning
目录 1. 宏基因组binning简介 2. binning原理 2.1. 可用于binning的特征 2.2. 从哪些序列下手进行binning？ 1. 宏基因组binni...
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宏基因组分箱(Binning)技术导读 宏基因组分箱（Binning）是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程，类似下图[1]。传统的单物种全基因组序列都是...
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开放阅读框（open reading frames, ORFs）是什么？开放阅读框对于基因的发现至关重要，但是目前有关orf的分子生物学定义至少有三种。在分子生物学和生物信息学领域，orf的最佳定义为：由终止密码子与终止密码子所包围的碱基片段（s...
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一个有关psych包安装无法正确安装问题的解决方案
**问题描述** 在使用Rstudio安装包psych时，会出现Warning in install.packages :dependency ‘mnormt’ is not...
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译文：分段式结构方程模型（piecewiseSEM）的构建原理前言-写在前面在进行一些论文研读的过程中，我发现针对模型复杂生态系统（比如农田土壤微生物的宏基因组学研究），研究者会将微生物基因丰度、环境因子等整合到一个SEM模型当中，由此...
