前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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用以判断选择压力的Ka/Ks的计算 -
鸢尾花(iris)数据集分析??Iris 鸢尾花数据集是一个经典数据集，在统计学习和机器学习领域都经常被用作示例。数据集内包含 3 类共 150 条记录，每类各 50 个数据，每条记录都有 4 项特征：...
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在R里面使用dplyr对表格进行计算、筛选等操作我的需求：基因表达差异分析结果的表格，每行是一个基因，不同的列分别表示表达值、Fold Change、P value、Q value等信息，如果要根据基因名称筛选出特定的行，...
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TCseq 和 Mfuzz 都测试了一遍，效果差不多。
基因表达趋势分析-2：Mfuzz
基因表达趋势分析-1：TCseq[http://08643.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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用Modules优雅地管理你的环境变量
我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST 对于这个问题，其实存在多种解决方案：...
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应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
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基于R语言绘制坐标轴截断图画图时经常遇到不同组的数据大小相差很大，大数据就会掩盖小数据的变化规律，这时候可以对Y轴进行截断，从而可以在不同层面（大数据和小数据层面）全面反映数据变化情况，如下图所示。 ...
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为了这个功能找了一天的资料，一步步走到lapply和sapply，还是无法批量作图，加上print就解决了，谢谢博主！<3
R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件
这是我第一次写简书上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科...
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博客翻译-seqkit代码概述
文章翻译自Seqtk: code walkthrough 在推特上，Zach charlop-powers请我写写seqkt的代码介绍。这个博客就是简单解释下seqtk。 S...
