1 Alignment (fastq->bam) (1) 10X Genomics fastq data If we get fastq data from 10X Gen...
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The pipleline of single cell RNA seq
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Inhibitory CD161 receptor identified in gliomainfiltrating T cells by single-cell analysis文章信息 文章题目： 利用单细胞分析在脑胶质瘤的T细胞中鉴定出抑制性CD161受体期刊： cell日期： 2021.3末位通讯作者： Kai W. Wucherpfen...
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Interrogation of the Microenviromental Landscape in Brain Tumors Reveals Disease-Specific Alteration今天给大家介绍一篇在2020年六月发表于cell上的一篇关于脑胶质瘤的文章，Interrogation of the Microenviromental Landscape ...
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maftools画棒棒糖图 （Lollipop chart）-基因突变可视化maftools是一个很强大的R语言可视化包，上篇“maftools画瀑布图（oncoplot）”(http://08643.cn/p/6cccf7c4bb0...
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跑流程遇到的问题以及解决过程:
最近在跑新抗原的流程，遇到了一些问题记录下来： 1，前期跑GATK4，详细教程可见GATK4+mutect2 call somatic mutation - 简书 (jian...
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Clonal Relatedness and Mutational Differences between Upper Tract and Bladder Urothelial Carcinoma今天没大家介绍一篇文章，这篇文章发表在clinical cancer research 上。 下图中我们可以看到这个杂志这几年来的影响因子的波动变化。 首先我们看下这篇文章的...
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Upper tract urothelial carcinoma has a luminal-papillary T-cell depleted contexture and activated...今天给大家介绍一篇基因组和转录组的文章。首先看下，这篇文章的corrsponding author ： 他来自威尔康奈尔医学院：美国常青藤大学康奈尔大学旗下的威尔康奈尔医学院...
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
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Single-cell transcriptomic analysis defines the interplay between tumor cells, viral infection, a...鼻咽癌是EBV有关的恶性肿瘤具有复杂的肿瘤生态系统。 肿瘤细胞，EBV之间如何相互作用，以及肿瘤微环境如何促进NPC的形成以及免疫的侵袭依然不是很清楚的。 在这里，我们对来...
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切瓜少年于2020年在南昌大学获得了临床医学、计算机科学与技术双学士学位，并于同年至山东大学攻读内科学（消化系?。┎┦垦?。他的主要研究兴趣包括肠道先天性免疫、炎症性肠病的发病机制、抗菌肽设计，以及电动自行车的维修与保养艺术。
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Mucosal Profiling of Pediatric-Onset Colitis and IBD Reveals Common Pathogenics and Therapeutic P...今天给大家分享一篇2019年11月发表在cell上的一篇文章， 这篇文章通过对未分化的结肠炎，Crohn’s 疾病，溃疡性结肠炎的儿童做单细胞和风险分析找到了普遍的发病机制，...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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