pip本地安装错误 当本地安装 出现下面报错 可能有两个原因 1，你的平台不是Linux系统，需要重新下载对应版本的whl文件。 2，可能下载的whl文件名不符合规范 首先查...
IP属地：陕西
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# pip本地安装错误
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**服务器免密登录**
在日常学习工作中，我们经常需要连接远程服务器，每一次输入密码都很麻烦，或者是服务器本身设置就是必须免密登录，所以今天我就交大家如何免密登录，以及如何在xshell和vs co...
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2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data）1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式进行解压操作 解压好的文件即正...
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# sigprofiler的安装与使用sigprofiler的安装与使用 SigProfiler提供了一套完整的生物信息学工具来进行突变特征分析。该软件涵盖了分析流程，从生成突变矩阵开始，到完成特征提取，以及绘图...
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写代码时遇到的小问题
有时我们在构建函数后，用的时候会提示里面的一个对象找不到，比如： 但是我们仔细检查函数，发现这个对象是存在的拆开来运行都不报错，但一封装起来就报错。首先看你的对象是在函数外还...
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看下我下载hicpro2juicebox.sh的目录
Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化
hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...
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几种常用的差异分析方法简介几种常用的差异分析方法简介 如今在生物学研究中，差异分析越来越普遍，也有许多做差异分析的方法可供选择。但是在实际应用中，大多数人不知道该使用哪种方法来处理自己的数据，所以今天...
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基因 ID 和 Symbol 转换前言 看了这么多期的 circos，都有点乏了，换换口味也是好的。 下面，咱就开始吧。 做生信分析，总是免不了要给基因 ID 和 Symbol 转换来转换去。 方法 一般要进...
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整理ICGC 表达数据参考：ICGC数据库数据提取表达矩阵/如何提取癌症数据--生信自学网使用spread 出现的坑--刘小泽简书 目的：当我们使用TCGA 表达数据，数据以gene-sample...
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@c50ed7bb4362 直接搜链接转化，第一个就是
使用wget下载GEO数据
我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。 经过我...
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各种HIC处理数据之间的相互转化
各种HIC处理数据之间的相互转化 目前HI-C数据研究比较火爆，出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点，而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格...
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driver mutation 识别方法（部分简介）Driver mutation 识别方法（部分）简介 背景 众所周知，癌症的发生主要是由于突变的累计引起的，但是癌症细胞中有着成千上万的突变，并不是所有突变都对肿瘤的演化具有...
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Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...
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使用wget下载GEO数据我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。 经过我...
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Hic-pro 的安装
目前处理Hi-c数据的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相对来说更好用一些，因为更加流程化一些。(具体使用方法见《HIC数据介绍及相关分析》）但鉴于Hic-...
