1.需求 如图，热图自带聚类树，将样本(列)分成了三个簇。想要按照聚类的结果，获取到 的信息，并将这个信息添加到热图上。 2.作图的数据 输入数据是个表达矩阵，行为基因，列为...
IP属地：浙江
-
按照热图聚类结果来给样本分组 -
基于单细胞数据进行Bulk定量之MuSiC
前言 Immugent最近在读文献时一直遇到各种利用deconvolution基于单细胞参考数据集进行bulk细胞定量的文章，于是专门系统的学习了一下此类常用的几个软件，今天...
-
【单细胞轨迹分析】monocle2其实在前面也提到过Pseudotime分析，拟时间序列分析（Pseudotime分析）是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，...
-
SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[http://08643.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
-
seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵
前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 ...
-
单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
-
R语言可视化及作图3--图形颜色选取R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图）[http://08643.cn/p/9bb8810df75a...
-
SCpubr包：让你的单细胞测序分析图表更加高级好看，代码实操分享该R包由国外友人Enblacar完成，目前处于预印本阶段，旨在提供一种简化的方式，为已知的单细胞可视化生成可发布的图形。与“审美愉悦”一词一样主观，这是一组跨不同情节类型实施...
-
使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(1)
在日常的生信分析中，我常?；崤龅蕉灾馗葱蛄械拇?。对于重复序列知道是什么东西，也知道分析中需要避免它的影响。但实际上还是缺乏一些系统上的认识，感谢最近发的一遍nature g...
-
SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作| 1. 简介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
-
GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol
前面在讲GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
-
R dplyr 函数介绍之 mutate(), transmute()
数据分析中，我们最常接触的数据格式为数据框，而对数据框最常见的操作就是添加新的列，这时候我们就可以使用mutate函数来完成相应的工作。 我们演示中使用的数据集为gcookb...
-
Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析 [TOC] Question 有朋友在后台提问：在使用clusterProfiler做富集...
-
【懒人必备】【增加组间显著性标记】R批量完成均值和SD计算，并以mean±SD的格式批量导出到EXCEL更新项目 在上一篇文章【懒人必备】【增加P值输出】R批量完成均值和SD计算，并以mean±SD的格式批量导出到EXCEL的基础上，增加了事后检验及各组间差异字母的标注 注意事...
-
单细胞分析流程之RNA velocity（一）
发育轨迹分析是单细胞分析中比较常见的一种分析，旨在预测出细胞类型之间的发育关系，构建细胞的发育轨迹。常见的发育轨迹分析有很多，例如monocle2/3，RNA velocit...
-
使用cellchat进行细胞间通讯分析
安装R包 如果安装不成功，可能是1.You might need to manually intall the dependencies ComplexHeatmap usi...
-
单细胞数据拟时序分析-destiny单细胞数据分析常用到建立trajectory和pseudoTime，拟时序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 给每个细胞添加注释信息，如这...
-
再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！一行代码绘制火山图的R包诞生了！在过去的一年中，师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法，包括普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息...
