1.需求 如图，热图自带聚类树，将样本(列)分成了三个簇。想要按照聚类的结果，获取到 的信息，并将这个信息添加到热图上。 2.作图的数据 输入数据是个表达矩阵，行为基因，列为...
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按照热图聚类结果来给样本分组 -
基于单细胞数据进行Bulk定量之MuSiC
前言 Immugent最近在读文献时一直遇到各种利用deconvolution基于单细胞参考数据集进行bulk细胞定量的文章，于是专门系统的学习了一下此类常用的几个软件，今天...
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【单细胞轨迹分析】monocle2其实在前面也提到过Pseudotime分析，拟时间序列分析（Pseudotime分析）是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[http://08643.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵
前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 ...
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单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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R语言可视化及作图3--图形颜色选取R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图）[http://08643.cn/p/9bb8810df75a...
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SCpubr包：让你的单细胞测序分析图表更加高级好看，代码实操分享该R包由国外友人Enblacar完成，目前处于预印本阶段，旨在提供一种简化的方式，为已知的单细胞可视化生成可发布的图形。与“审美愉悦”一词一样主观，这是一组跨不同情节类型实施...
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使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(1)
在日常的生信分析中，我常?；崤龅蕉灾馗葱蛄械拇?。对于重复序列知道是什么东西，也知道分析中需要避免它的影响。但实际上还是缺乏一些系统上的认识，感谢最近发的一遍nature g...
