本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...
发简信
IP属地：四川
-
RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析 -
解决报错ImportError: cannot import name 'GC' from 'Bio.SeqUtils'
简单记录.在安装软件的时候遇到ImportError，?？檎也坏?在我的情况中是因为biopython的版本问题. 所以，降低biopython版本 然后就看起来正常工作了!!
-
使用R web框架Shiny轻松构建生信交互式网站做生信需要懂 R web框架 Shiny吗？答案：不懂R Shiny的生信科研工作者不是好生信科研者 说说这几年我用web框架参与构建生信网站的项目（就是我搬的砖），1.某病...
-
【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
-
基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATEInferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data.，NC,...
-
单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
-
Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
-
clustree报错
报错信息：Error in check.length(gparname) : 'gpar' element 'lwd' must not be length 0解决办法：更新...
