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孟德尔随机化分析2: SMRSMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法，可以基于GW...
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生信工具2: LiftOver人类参考基因组（如 GRCh37 和 GRCh38）由国际基因组学研究社区定期更新，以改进基因组的完整性和准确性。每次更新可能会导致以下变化：?...
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孟德尔随机化分析1: 连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）1. 什么是连锁不平衡（LD）？ 连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指在基因组中，两个或多个SNP（单核苷酸多态...
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R语言小记3：ENSG和基因symbol间的名称转换0. 数据准备（加载自己需要转换的数据） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 发现存在一个ENS...
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单细胞数据分析笔记6: 转录因子分析（SCENIC）转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与...
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单细胞小记2：将h5ad格式转化为seurat格式h5ad 是用于存储单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 软件包。它基于 HDF5...
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单细胞小记1：将多个样本的表达矩阵，合并成seurat格式1. 数据准备 2. 数据整合
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全外显子组测序（WES）分析4-1: 识别驱动基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一组最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌症和体细胞进化中的选择。该包包含量化错义、无义和必需剪接突变的 dN/dS ...
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单细胞数据分析笔记5: 拟时序分析（monocle2)拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可...