@微信用户_688a 不会，我就是，很慢
单细胞数据分析笔记6: 转录因子分析（SCENIC）转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与DNA模板的结合，从而调控下游...
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孟德尔随机化分析2: SMRSMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法，可以基于GWAS汇总数据进行因果推断 1....
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生信工具2: LiftOver人类参考基因组（如 GRCh37 和 GRCh38）由国际基因组学研究社区定期更新，以改进基因组的完整性和准确性。每次更新可能会导致以下变化：? 基因组序列的调整：添加或修订...
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不好意思，当时是为了学一下这个包，没注意，后来也发现了。负值，感觉是由于拟合问题或者表达数据的噪声引起的，建议还是将其转换为 NA，或直接过滤掉不，不合理
生信数据库4: GDSC（癌症药物敏感性基因组学数据库）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性...
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孟德尔随机化分析1: 连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）1. 什么是连锁不平衡（LD）？ 连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指在基因组中，两个或多个SNP（单核苷酸多态性）位点在一个群体中的等位基因...
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@华小康 没有要求，已经通过github了，不行可以直接手动安装：https://github.com/im3sanger/dndscv/archive/refs/tags/0.1.0.tar.gz
全外显子组测序（WES）分析4-1: 识别驱动基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一组最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌症和体细胞进化中的选择。该包包含量化错义、无义和必需剪接突变的 dN/dS 比率的函数，可在单个基因、基因...
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R语言小记3：ENSG和基因symbol间的名称转换0. 数据准备（加载自己需要转换的数据） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 发现存在一个ENSG（Ensembl基因ID）可...
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@9ed026cdd010 自己的数据，没有的话，可以GEO下载自己感兴趣的数据集
单细胞数据分析笔记2-2: 细胞通讯分析（CellChat）
3. CellChat CellChat，用于根据单细胞数据对细胞间通信进行推理、分析和可视化。包含文献支持的多个物种中的配体-受体相互作用，从而全面概括已知的分子相互作用机...
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单细胞数据分析笔记6: 转录因子分析（SCENIC）转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与DNA模板的结合，从而调控下游...
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单细胞小记2：将h5ad格式转化为seurat格式h5ad 是用于存储单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 软件包。它基于 HDF5 文件格式，支持大规模数据的高...
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@Jo_46fe 他提醒你了，你的数据格式是字符串，不是数字型，改一下就行
R语言分析2-2：免疫浸润分析（ssGSEA）
ssGSEA是一种常用于免疫细胞浸润分析的方法。该方法通过将每个样本的基因表达数据与特定的基因集（免疫细胞基因集）进行比较，来估计该基因集在该样本中的相对富集程度。 2. 使...
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全外显子组测序（WES）分析4-1: 识别驱动基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一组最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌症和体细胞进化中的选择。该包包含量化错义、无义和必需剪接突变的 dN/dS 比率的函数，可在单个基因、基因...
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单细胞数据分析笔记5: 拟时序分析（monocle2)拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可以来推断发育过程细胞的分化轨迹...
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@只是经过 哪里？也可以后续Ai直接删除
R语言可视化10: 韦恩图/upset图 - VennDiagram/ggVennDiagram/upsetR/ComplexUpset/VennDetail
1. 使用包绘制韦恩图 1.1 两个数据集 1.2 多个数据集（此处以5个为示例） 1.3 交集元素的提取 ★ 5个数据集是VennDiagram包的上限 2. 使用包绘制韦...
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全外显子组测序（WES）分析3: 变异功能注释（SnpEff / VEP ）1. 使用注释 VCF 文件 1.1 下载和安装 SnpEff 1.2 下载参考基因组数据库 手动下载（选择符合自己需要的物种及版本）：https://sourceforge...
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@摩卡mocha 哦哦，谢谢，我原来也发现了（有的地方改了，有的地方可能还是漏了），我写的i，但简书有时候会自动帮我改成“I”
生信数据库4: GDSC（癌症药物敏感性基因组学数据库）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性...
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@摩卡mocha 没看懂，my_comparisons = list() 本来就是创建一个空列表，是'comp'是个空的？我有自己先预先分个组（age一列)
生信数据库4: GDSC（癌症药物敏感性基因组学数据库）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性...
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@噜啦噜啦嘞_a7f5 哪一步？
生信数据库4: GDSC（癌症药物敏感性基因组学数据库）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性...
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@噜啦噜啦嘞_a7f5 是上一步calcPhenotype()的结果文件，会自动保存到当前工作目录下的calcPhenotype_Output文件夹中
生信数据库4: GDSC（癌症药物敏感性基因组学数据库）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性...