bedGraphToBigWig是将bedgraph格式转化为BigWig格式的小工具
#下载,UCSC下载地址 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe
#选择 linux.x86_64
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig
#加执行权限
chmod +x bedGraphToBigWig
#将该文件移入PATH路径中,即可执行
mv bedGraphToBigWig /bin
执行
#格式为 bedGraphToBigWig input_file index output_file
#建立index,$REF为参考基因组的fasta格式
samtools faidx $REF
#执行
bedGraphToBigWig SRR3033154.bedgraph $REF.fai SRR3033154.bw