生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势，迅速获得许多编程技术不好的科研狗的青睐。凭借短短几行代码，就能完成各种高大上的数据分析，关键还能做出漂亮的图。但天天跟代码打交道也颇为头疼，作为一般的科研人员，并不需要完全掌握代码，只要会使用生物信息学网页工具就差不多了。
1、转录因子数据库
???????? ooTFD：http://www.ifti.org
2、北京大学生物信息学中心
???????? http://www.cbi.pku.edu.cn
3、BioEdit?软件
??????? 核苷酸和蛋白质序列分析软件：http://www.bioedit.com/
4、韦恩图
??????? Venny2.0
升级版韦恩图
jvenn: 可做到6个
5、基因预测
??????? FGENESH
6、phylogenetic
???????? 进化树：iTOL
?????? 在线构建进化树
?????? IQTREE Web Server: Fast and accurate phylogenetic trees under maximum likelihood
7、启动子区预测
??????? Promoter Scan
8、蛋白质一级结构分析
??????? PredictProte
9、ExPASy-ProtParam tool
10、蛋白质磷酸化位点
?????????? NetPhos 2.0
11、信号肽
?????????? SignalP
12、跨膜结构域
?????????? TMHMM Server v. 2.0
13、蛋白质亚细胞定位
?????????? TargetP 1.1 Server
14、蛋白质二级结构分析
?????????? SOPMA
15、蛋白质三级结构预测
?????????? SWISS-MODEL
16、短序列拼接
?????????? Cap3
17、多序列比对相似性展示
?????????? SimiTriX-SimiTetra
18、多序列比对可视化
??????????? MView: A multiple alignment viewer or AlignmentViewer
19、过滤多序列比对结果
??????????? GUIDANCE2 Server: Server for alignment confidence score
20、绘制GO注释结果
??????????? WEGO：Web Gene Ontology Annotation Plotting
21、蛋白质 Pfam database meme:Multiple Em for Motif Elicitation
?????? SMART Conserved Domains within a protein or coding nucleotide sequence
1. 模体(motif)
属于蛋白质的超二级结构，由2个或2个以上具有二级结构的的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，并发挥专一的功能。一种类型的模体总有其特征性的氨基酸序列。
模体是二级结构有规律的组合。例如螺旋-环-螺旋，贝塔折叠的组合、阿而法螺旋组合等。再比如亮氨酸拉链、锌指结构都是典型的模体，它们执行一定的功能，即模体即是结构的单位，又是功能单位，他们可直接作为结构域和三级结构的建筑块。某些蛋白质因子与DNA大沟结合的部位靠的就是某些特异的模体。
2. 结构域（domain）
是指在较大的分子（主要指蛋白质也包括核酸分子）中形成的某些在空间上可以辨别的结构，往往是球状压缩区或纤维状压缩区。它们也既是结构单位，又是功能单位。例如免疫球蛋白的功能区就是结构域。
22、基因组杂合性评估
?????????? GenomeScope：Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical?? approach
23、circos图
?????????? CIRCOS可以用来画基因组数据的环状图，也可以用来绘制其它数据的相关环状图。
1. 需要注意的是上传数据格式为空格或tab分隔的txt格式纯文本列表文件，值均为非负整数，若存在缺失值，用“-”线代替，若有小数，每一个单元格乘以某一值(如1000)，化为整数，且每个单元格中只能有数字，其他任何符号都不行，除了缺失的“-”，(1555，而不是1,555)；
2. 在线版只能绘制75阶方阵数据，若需要绘制较复杂的请下载Circos and use the tableviewer tool。
3. 每一个标签所对应半圈的总长度为这一标签所对应的所有值的和，不同半圈间连线表示这两标签所表示的值。
元数据可视化
Web-Igloo：Interactively visualizing multivariate data without feature decomposition
需要数据和元数据两个文件,实例数据结构如下：
数据(Select data file (Tab delimited))
Samples ? ?Palmitic ? ?Palmitoleic ? ?Stearic ? ?Oleic ? ?Linoleic ? ?Linolenic ? ?Arachidic ? ?Eicosenoic
S1 ? ?1075 ? ?75 ? ?226 ? ?7823 ? ?672 ? ?36 ? ?60 ? ?29
S2 ? ?1088 ? ?73 ? ?224 ? ?7709 ? ?781 ? ?31 ? ?61 ? ?29
S3 ? ?911 ? ?54 ? ?246 ? ?8113 ? ?549 ? ?31 ? ?63 ? ?29
S4 ? ?966 ? ?57 ? ?240 ? ?7952 ? ?619 ? ?50 ? ?78 ? ?35
S5 ? ?1051 ? ?67 ? ?259 ? ?7771 ? ?672 ? ?50 ? ?80 ? ?46
S6 ? ?911 ? ?49 ? ?268 ? ?7924 ? ?678 ? ?51 ? ?70 ? ?44
S7 ? ?922 ? ?66 ? ?264 ? ?7990 ? ?618 ? ?49 ? ?56 ? ?29
S8 ? ?1100 ? ?61 ? ?235 ? ?7728 ? ?734 ? ?39 ? ?64 ? ?35
S9 ? ?1082 ? ?60 ? ?239 ? ?7745 ? ?709 ? ?46 ? ?83 ? ?33
S10 ? ?1037 ? ?55 ? ?213 ? ?7944 ? ?633 ? ?26 ? ?52 ? ?30
S11 ? ?1051 ? ?35 ? ?219 ? ?7978 ? ?605 ? ?21 ? ?65 ? ?24
S12 ? ?1036 ? ?59 ? ?235 ? ?7868 ? ?661 ? ?30 ? ?62 ? ?44
元数据（Select metadata (Tab delimited)）
Samples ? ?Geography
S1 ? ?N
S2 ? ?N
S3 ? ?N
S4 ? ?NA
S5 ? ?NA
S6 ? ?NA
S7 ? ?NAp
S8 ? ?NAp
S9 ? ?NAp
S10 ? ?NApulia
S11 ? ?NApulia
S12 ? ?NApulia
24、基因结构展示
?????? GSDS2.0: Gene Structure Display Server
AnnotationSketch
25、外显子-内含子结构
??????????? Exon-Intron Graphic Maker MyDomains DomainDraw draws
蛋白突变位点注释
MutationMapper: interprets mutations with protein annotations
26、regulatory genes 分析
Transcription factors, transcription regulators, and chromatin regulators, collectively referred to as regulatory genes.
PlantTFcat: An Online Plant Transcription Factor and Transcriptional Regulator Categorization and Analysis Tool
27、密码子偏好性 (Codon Optimization)
?????????? Codon Optimization On-Line (COOL)
????????? Codon Optimization Tool：Integrated DNA Technologies
28、序列格式转换(Sequence Format Conversion)
??????????? EMBOSS Seqret
29、真菌效应蛋白预测
??????????? EffectorP: predicting fungal effector proteins from secretomes using machine learning
BLAST结果可视化
kablammo: Visualize your BLAST results
30、植物基因家族分类和富集分析
?????????? GenFam: Gene Family based classification and enrichment analysis
31、生物类文件格式转换
?????????? Sequence conversion
32、Plant-Specific Myristoylation Predictor
??????????? Plant-Specific Myristoylation Predictor
33、启动子元件预测
??????????? Plant CARE: Search for CARE
34、植物启动子/转录因子分析
??????????? PlantPAN 3.0
