在lncRNA的研究中，lncRNAba基因的确定是必不可少的环节，因此系统的梳理下常用的预测lncRNA靶基因的方法，将会为以后的科研工作带来不小帮助。

太长不看版：

• 1.starbase
• 2. MEM
• 3. 顺式/反式调控
• 3.基因共表达预测
• 4.RNA-seq测序

详细版：
lncRNA的作用模式比microRNA复杂很多（microRNA常见通过结合mRNA来抑制翻译或促进降解来达到目的，一般发生在转录后水平），有关lncRNA作用模式的说法有很多种，比如顺式（cis）、反式（trans）,根据作用的位置不同可分为DNA、RNA和蛋白质，大致可分为转录和转录后水平。

lncRNA本质上是核酸，二核酸与核酸之间依靠碱基互补配对，因此无论lncRNA与RNA（microRNA、mRNA）或DNA之间，都可以通过碱基互补配对原则进行预测。

1. starbase

网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

starbase3.0

2. MEM

网址：https://biit.cs.ut.ee/mem/
MEM汇总了GEO数据集上的芯片数据，然后基于共表达分析，预测lncRNA的靶基因。

MEM

3.顺式/反式调控

顺式（cis）指lncRNA对邻近mRNA（比如在同一染色体上）的一种调控方式，因此可以完全通过寻找lncRNA周围的mRNA这种方式来预测lncRNA的靶基因。
反式（trans）指不同染色体后染色体远端位置的靶点。
目前一般认为1Mbps是一个合适的单位，即认为1Mbps内会出现频繁的顺式调控。
用LncRIsearch:分别输入想要检测的lncRNA-mRNA即可。
网址：http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch

lncRIsearch

4.基因共表达预测

根据基因的表达模式，预测可能的靶基因，数据下载和分析可用R|TCGA|m6AlncRNA的例子，核心代码如下：

rm(list = ls())
library(limma)
corFilter=0.4 #设置相关系数阈值
pvalueFilter=0.001 #设置p值过滤标准

# lncRNA数据处理
rt <- data.table::fread("D:/jianshu/R-TCGA-m6AlncRNA/lncRNA.txt",data.table = F)
rt <- as.matrix(rt) #变为matrix
rownames(rt) <- rt[,1]
exp <- rt[,2:ncol(rt)]
dimnames <- list(rownames(exp),colnames(exp))
data <- matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames = dimnames)
data <- avereps(data)
data <- data[rowMeans(data)>0.1,] #去掉数值比较小的lncRNA
library(tidyverse)
lncRNA <- data[,str_sub(colnames(data),14,15)<10]
lncRNA <- log2(lncRNA+1)


# mRNA数据处理
rt1 <- data.table::fread("D:/jianshu/R-TCGA-m6AlncRNA/mRNA.txt",data.table = F)
rt1=as.matrix(rt1)
rownames(rt1)=rt1[,1]
exp=rt1[,2:ncol(rt1)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data1=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data1=avereps(data1)
data1 <- log2(data1+1)
data1 <- data1[,str_sub(colnames(data1),14,15)<10]

# 求相关性
gene="ZEB1-AS1"
outTab=data.frame()
for (i in rownames(data1)){
  x=as.numeric(lncRNA[gene,])
  y=as.numeric(data1[i,])
  corT=cor.test(x,y)
  cor=corT$estimate
  cor=round(cor,3)
  pvalue=as.numeric(corT$p.value)
  if(pvalue<0.001){
    pvalue=format(pvalue,scientific = TRUE)
  }else(
    pvalue=round(pvalue,3)
  )
  if((abs(cor)>corFilter)&(pvalue<pvalueFilter)){
    outTab=rbind(outTab,cbind(lncRNA=gene,mRNA=i,cor,pvalue))
  }
}

参考文献：
http://www.360doc.com/content/16/1111/12/19913717_605626019.shtml