NetworkD3制作?;嫉氖涑鑫侍?/h1>

在使用R语言的NetworkD3包时遇到了一个问题,我希望通过R代码,实现将sankeyNetwork函数绘制的?;贾苯邮涑龅轿募?,但尝试多种方法后均以失败告终。


探索过程如下:

方法1:尝试使用pdf、png进行输出。

结果:图像为空,无法输出图像。由于sankeyNetwork的输出是JS网页格式的,所以图形输出无效。

方法2:尝试使用write.table、write.cvs直接输出内容。

结果:报错如下

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) :

????cannot coerce class ‘c("sankeyNetwork", "htmlwidget")’ to a data.frame

数据格式有问题,在将list转换为data frame的时候失败。

方法3:尝试使用sink函数输出。

结果:输出文件为空。sankeyNetwork作图的输出好像是一个函数方法,直接输出到网页并显示在Viewer窗口中(我这里使用的是Rstudio;使用R的时候直接打开一个新页面,并输出到浏览器;使用linux时无输出,可能是没有图形界面造成的),使用sink无法输出结果,文件为空。

方法4:尝试使用Shiny输出,部分代码如下:

p <- renderSankeyNetwork({

sankeyNetwork(Links = link_list, Nodes = node_list, Source = 'IDsource', Target = 'IDtarget', Value = 'abundance', NodeID = 'value', NodeGroup = 'variable', fontSize = 7, sinksRight = FALSE)

})

diag <- renderUI({ sankeyNetworkOutput("mySankeyNetwork") })

结果:无输出(这里可能是我的Shiny代码不对导致的)。

此外还进行了其他尝试,比如试图捕获sankeyNetwork作图运行时的过程,以及R2HTML包的各种网页输出方式,但也都以失败告终。


最终经过不断的尝试,还是发现了以下两个可行解决方法:

解决方法1:换用d3Network包(和NetworkD3是两个不同的包?。┑膁3Sankey函数作图,该函数提供了“file”这个输出参数,可以直接将结果输出为html。

解决方法2:无意间发现NetworkD3包其实提供了一个专门的输出函数saveNetwork,可以输出该包所生成的图片,使用方法简单,直接给出输出目标和要输出到的文件即可。


至此问题解决。之前翻找了好多的论坛,也查了不少网站,但都没提到保存sankeyNetwork作图结果的方法,不知道是使用者普遍都比较熟练,都会使用该函数,又或者是大家习惯于图形化界面直接输出。总之这里提供了可行的解决方案,希望能帮助更多的人节省时间。


此外,在生成html文件后,可以通过webshot包的webshot函数(webshot::webshot),将html转换为png格式的图片,有需要的也可以参考下。

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