基础知识：
perl-app-cpanminus和cpan都是用于管理 Perl 模块的工具，它们可以从CPAN上下载、安装、升级和删除 Perl ?？椤?/p>perl-app-cpanminus是cpan的一个替代工具，更加轻巧简单，并提供了一些附加功能。perlbrew是用于管理多个 Perl 版本的工具，可以方便地在同一系统上安装和使用不同版本的 Perl。bioperl是一个用 Perl 编写的生物信息学工具集，提供了许多处理生物信息学数据的?？楹徒疟?。它可以与cpan或perl-app-cpanminus配合使用来安装和管理 Perl 模块
ncbi上的参考基因组注释文件有gff，gtf以及gbff等格式，而一般的生信软件使用的是gff和gtf格式参考注释文件，所以这时候遇到gbff参考基因组的文件确实头大
gbff转gff或gtf格式最常用的是使用bp_genbank2gff3.pl脚本（一个perl脚本），想要成功运行那就得在linux上配置perl环境，而Bio::Root::RootI是运行bp_genbank2gff3.pl脚本必不可少的perl?？?/p>
出于时间成本考虑所以就不用源码进行编译了，直接conda开干
mamba install -c bioconda perl-bioperl
#安装bioperl
#或者也可以安装perl-app-cpanminus
mamba install -c conda-forge perl-app-cpanminu
之后就可以使用cpan进行下载和安装perl?？榱?
sudo cpan install Bio::Root::Root
#记住一点要加sudo，给管理者权限，不然一些包打死装不上（亲测）
#注意是cpan，有些教程里面会用的是cpanm，这玩意有时候也老是报错
然后就可以看到安装开始了
之后完美运行bp_genbank2gff3.pl脚本（两千多行的代码，确实牛逼）
不过转换之后的GFF文件还是用不了，这个问题还是有点头大，后面有问题再解决
参考资料：
1 Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决_can't locate bio/seqio.pm in @inc (you may need to_wyh0908的博客-CSDN博客
2 Linux/MacOS下安装BioPerl_use bio::root::rooti_烽洋的博客-CSDN博客
[3]gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)
