BioAider V1.423新版来袭 + 基因突变棒棒糖图

转眼又临近毕业季,离别是总会到来的,但也可以选择留下点什么,如题。

考虑到大家都非常忙,有的甚至还在熬夜写基金,为此我也长话短说。

对于做序列分析的同学来说,每年这个时候总是忙得焦头烂额。为了减轻我们的负担,这段时间笔者赶出了一个基于GUI界面的小功能——基因突变棒棒糖图(当然,会编程的同学可能不需要特别关注)。

一、 在正式介绍这个功能之前

偷偷告诉大家,新版BioAider又美化了界面,支持多种主题风格(感谢前人的QSS美化轮子),可自由切换,总体原则是:“我的程序你做主”,先上图:

MacOS主题
Light Red主题

对于经常熬夜的同学来说,来福利了,这些主题,总有一款适合你:

总结就是,随心情而定,可自由切换:

当然,可能大家也发现了,新版本BioAider也保留了之前版本的界面风格主题,可以切换为“BioAider Nostalgic”(怀旧版)。


二、BioAider快速画基因突变棒棒糖图

什么是基因突变棒棒糖图,简单地说就是展示序列中突变位点和突变频率的一种相对高效方式,如下(来自几分钟前BioAider快速绘制,通过指定阈值,只显示突变频率大于10%的标签):

这部分功能对应的软件界面和参数如下:

截图为基因突变-晴天超级棒棒糖画图功能,在Macos主题模式下


参数设置面板

这部分界面采用一种新的展示方式,在控件上的设定提示语为中文(以前是英文),方便大家使用。

更加重要的是,对于上面的那一堆参数,BioAider支持从数据中采集临近值(通过输入框旁边的collect按钮),这样后期中需要对其中几个参数微调就能很快出想要的图(PDF格式,便于后期修改和美化)。

当然,演示的是多个基因,单基因也是可以(所有基因名称一样),甚至你用来画基因结构(随便设置突变信息)也许。

准备数据非常简单,有且只有6列,示例如下:

只要你不改表头的名称(列名),其他可自行DIY。? ?

然后复制上面的信息(有且只有6列),粘贴到.txt里,拖到BioAider里,先采集才参数,然后微调,即可很快出图(如前所见)。

请注意:在Type列标记为Strat或者End的位点,作图时不会画棒棒糖,只会标记位点,可用来确定基因的起始位点。

又比如数据可以是氨基酸突变位点,然后在Type那列只填用来标记基因起始和结束的Start及End,突变类型的标记只用一种(名称随意,但都相同),这样可以标记氨基酸突变位点和频率。

总之,提供了非常大的DIY空间。

三、其他

另外,基于几个成熟的python包,顺便做了个快速画散点,箱型和小提琴图的GUI界面,当然,能做这些事的GUI界面程序很多,所以不重点介绍,只放几张图:

这部分参数界面

散点图、箱线图、小提琴图


四、最后和最重要的

上图说的最新版,官网已经更新(BioAider V1.423):https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases

精美界面和棒棒糖已经为你准备好,快来领取吧。

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