# -*- coding:utf-8 -*-
import sys
def?run(dirs_path):
? ? f = open(dirs_path ,'r')
? ? name = dirs_path.split('/')[-1].split('.')[0]
? ? w = open('/Users/apple/ERV/'+name+'.txt','w')
? ? w.write('chr'+'\t'+'pos'+'\t'+'N'+'\t'+'X'+'\n')
? ? for?line?in?f:
? ? ? ? d = line.strip().split('\t')
? ? ? ? col_3 = int(d[-2])+int(d[-1])
? ? ? ? w.write(d[0]+'\t'+d[1]+'\t'+str(col_3)+'\t'+d[-1]+'\n')
? ? f.close()
? ? w.close()
if__name__ =='__main__':
? ? dirs_path = sys.argv[1]
? ? run(dirs_path)
这里面唯一需要修改的就是?w = open('/Users/apple/ERV/'+name+'.txt','w')这里，你输入自己的路径就行，其他不动。
用的时候你先把这段代码复制成自己的脚本，后缀.py，比如convert.py
然后用的时候就，python convert.py test.bismark.cov（就是你需要转换的文件）
代码改自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109261289
