这段时间,不时有朋友提到,GSAman 比 IGV 官方版本慢不少。事实上,这个几乎不可能。因为 GSAman 本身并无改动 IGV 完整源码。只能说是给一个战士,配置多了一把瑞士军刀。功能更多,但实际毫无负担。
至于为什么会慢,我第一反应是内存。因为我打包 GSAman 的逻辑和 IGV 官方不同。因为偷懒,我用了 TBtools 的打包逻辑,所以似乎是会让电脑自动判断一个大体的内存。比如.....2G? 甚至1G。
而官方IGV版本上来一般是4G甚至更高。在同等数据量负载的情况下,IGV官方版本没问题,很顺畅。而 GSAman 则可能出现卡顿。因为Java在内存不够用时会启动GC,不断回收垃圾,这个速度本身又没那么快,尤其是不断执行时。
那么如何处理?
打开文件位置
如此,保存文件即可。
后续每一次打开 IGV-sRNA 都会发现速度不再慢。
同理,有一些朋友电脑说报内存不足,正在退出程序。也可以用这个方法解决。当然,注意,加入你的电脑就8G内存,你就不要搞 -Xmx16g,这个超额不行的。