RELION程序使用手册阅读笔记
一、基础准备工作及RELION软件的开启
1.创建一个大文件夹，大文件夹中应该有一个小文件夹，小文件夹一般命名为“Movies”，里面用来存放你收集到的数据。
2.GUI的开启一般都是在大文件夹的目录底下开启。
3.第一次在新的文件夹目录下开启RELION这个软件的时候，不要使用&这个符号把软件挂在后台。
二、使用步骤的具体说明
1.第一件事情就是把你得到的数据导入进RELION这款程序进行操作，从作业目录中选取“Import”这一项，并按如下操作：
然后为你整一个宏伟的工程取一个响当当的名字，为了方便起见，这里暂时将这项工程命名为“movies”。做完这一步后，会有一个Import/job001的文件夹被生成，另外还有一个软链接Import/movies，同时会有一个.star文件生成：Import/job001/movies.star
2.光束诱导运动校正
这是第一步对数据采取的矫正，按如下步骤设置参数并运行矫正功能：
在I/O tab中：
在Motioncor2 tab中：
3.Contrast transfer function（对比度传递函数）CTF estimation
On the I/O tab, use the Browse button to select the corrected_micrographs.star file of the Motion correction job.
在 I/O tab中：
在Searches tab中：
如果你使用了GCTF算法，就要忽略掉CTFFIND-4.1 和 vice versa两个tab
在gctf tab中：
当经过CTF estimation之后，会对每一个图像有一个处理的文件产生，他们被放在CtfFind/job003/Movies的文件夹中。
4.Manual particle picking
在I/O tab下，选择CtfFind/job003下的micrographs_ctf.star，忽略color tab这一个，在display tab下填写如下参数：
在这个过程结束后：
However, as we will use the LoG-based autopicking in the next section,
you do not need to pick any if you don’t want to.If you were going to
use manually picked particles for an initial 2D classification job, then you would
need approximately 500-1,000 particles in order to calculate reasonable class
averages. Left-mouse click for picking, middle-mouse click for deleting a picked
particle, right-mouse click for a pop-up menu in which you will need to save
the coordinates!. Note that you can always come back to pick more from where
you left it (provided you saved the star files with the coordinates throught the
pop-up menu), by selecting ManualPick/job004 from the Finished jobs and
clicking the Continue now button.
5.LoG-based（Laplacian-of-Gaussian） auto-picking
在Subset selection job进程中，在I/O tab中把其他所有东西都留空不做任何操作，除了这一栏目里选择：
这个文件是我们在上一步中选取了若干个粒子以后生成的。
点击run 按钮以后
使用“文件”菜单进行“反向选择”;单击前五张缩微照片前面的复选框，选择这些缩微照片;然后再次使用“File”菜单来“Save selection”。这将产生一个名为ManualPick / job004 / micrographs_selected.satr的文件
我们将用它来做下面的Auto-picking job
在Auto-picking job中的I/O tab中：
在Laplacian tab中：
忽略References tab这一栏，在autopicking tab中，忽略前4个选项，在后面的选项中，如下所示操作：
一般我们浙江大学冷冻电镜服务中心是可以使用GPU的，应老师已经租过一个了。
忽略Helix tab，在Running tab中运行单一的MPI processor。
6.Particle extraction
在Particle extraction job中：
在I/O tab中：
在 extract tab中，如下：
与上一个步骤同样的操作：Ignore the Helix tab, and run using a single MPI processor.
在经过这一步操作后，我们得到的粒子将会以.MRC的文件格式保存在Extract/job007/Movies/这个文件夹中。
另外，It’salways a good idea to quickly check that all has gone OK by visualising yourextracted particles selecting out:
particles.star from the Display: button.Right-mouse clicking in the display window may be used for example to select
all particles (Invert selection) and calculating the average of all unaligned particles (Show average of selection).
7.Making templates for auto-picking（为自动选取制作模板）
在2D classification进程中：
在I/O tab中，选择文件：Extract/job007/particles.star ；
在CTF tab中，设置参数如下：
在Optimisation tab中，设置参数如下：
在 Sampling tab 我们基本不改变任何参数
Ignore the Helix tab, and on the Compute tab, set:
8.Selecting templates for auto-picking（为自动挑选选取相应的模板）
在I/O tab中选择文件：Class2D/LoG_based/run_it025_model.star
在Class options tab中，参数如下：
9.Auto-picking(自动选?。?/p>
在auto-picking tab中，需要四个很重要的参数：Picking threshold, the Minimum inter-particle distance,
the Maximum stddev noise, and the Minimum avg noise
在I/O tab中，设置参数如下：
在References tab中，设置参数如下：
在autopicking tab中，设置参数如下：
与之前几步操作同样的是：
Ignore the Helix tab, and run using a single MPI processor on the Running tab。
10.Particle sorting
在I/O tab中：
在CTF tab中：
Though
we did not do this for the tutorial, one could then go to the Subset selection
gui, on the I/O tab load the particles_sort.star file, and on the Subsets
tab set:
