之前给小伙伴做分析复现的时候,接触到一篇Cell文章的拟时分析,参考文献:Single-cell landscape of the ecosystem in early relapse hepatocellular carcinoma。这篇文章呈现了不同分组的拟时基因表达趋势、以及代谢通路的趋势。
关于拟时分析,我们之前以及有详细的描述了,参考: Monocle3(1):单细胞拟时分析---分析(详细注释版) Monocle3(2):单细胞拟时分析可视化---普通版 Monocle3:单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化 群成员专享:Monocle2更新(就是重新梳理一下)
一键跑完monocle2?
这里我们就直接使用做好拟时的monocle对象进行复现了:文章中做了代谢通路,其实不论是GO、KEGG,只要是感兴趣的通路都可以呈现!****
当然了,本片内容和我们号所有的帖子一样,不仅仅让你复现做出拟时的这个分析内容,你还可以学习到其他的数据处理技巧和作图方法!
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