基因组组装相关软件
abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT、Proovread、PBSuite、pilon、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等
基因组分析相关
AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等
比较基因组软件
Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等
注释相关软件
blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等
比对软件
Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa、tophat、hisat、bismark、ssearch36等
系统发育树软件
MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等
分化时间分析
Paml、Beast2等
群体历史动态分析
psmc、msmc等
基因流分析
Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等
高离散SNP筛选
BayeScan、LFMM、bayenv2等
选择清除分析
XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等
LD分析
Haploview、Plink等
ka/ks分析
Yn00、codeml等
分子方差分析
Arlequin、poppr等
全基因组关联分析
plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等
QTL定位软件
R/qtl、QTL Cartographer等
遗传图谱排图软件
MSTmap、Onemap等
共表达分析
WGCNA等
转录组组装
trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等
基因表达定量
rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等
基因表达差异分析
DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等
富集分析
topGO等
蛋白互作
blast等
靶基因预测
RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等
聚类去冗余
cd-hit、tgicl等
转录因子预测
iTAK等
circRNA预测
CIRI、find_circ、CIRCexplorer等
lncRNA预测
CPC、CNCI、CPAT等
SNP分析
star、GATK、Samtools等
CDS预测、SSR分析
transdecoder、MISA等
APA分析
TAPIS等
其它软件
fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等
原文链接：https://blog.csdn.net/u010608296/java/article/details/102886223
